浅谈SDTM Finding Domain程序的标准化之路

发布时间:2022-02-18 文章来源:

SDTM Finding Domain加工规则比较固定,但是在实际项目过程中,因为项目的差异,EDC的不同,Finding Domain之间的不同,总会花上一定的时间加工和比对。经过几个SDTM项目的洗礼后,小编总结了一点点经验,分享给大家,如果能提高不同项目之间,不同EDC之间或者不同Domain之间的编程效率,或是提升一点新人对于SDTM的熟悉度,那就太好了。


首先,在配置环境的程序中,可以设置一些此项目的通用信息,比如一些有用的format,字符型日期格式等等:也可以设置一些全局宏变量标识原始数据的关键变量,比如:受试者编号,访视名等等;不同EDC原始数据的变量名不一样,那设置成一个全局宏变量,在之后Domain的程序中便不需要去修改变量名。

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根据Finding Domains的特性,以及SDTM标准,将Finding Domain分成以下几个部分:



1:--TEST & --TESTCD等等,SPL在制作SDTM spec时会做一个metadata,在SDTM编程时只需要写上一段code将metadata的信息merge过来就可以了,可以用hash,也可以用SQL。

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原始数据和metadata没有匹配上的,在log中也会提示。



2:VISIT & VISITNUM,计划内的访视可以根据mapping spec定义一个foramt或在配置环境中定义一个format。


对于计划外的访视,通常要借助SDTM.SV,在SDTM.SV中所有的计划外访视都会被分配一个计划外编号,并将计划外来源的原始访视名和数据集记录在SVUPDES中。


首先处理SDTM.SV处理成每个来源一条,以便被正确的链接;

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通过访视名InstanceName,数据集名RAW_DATA进行链接获取计划外的VISIT & VISITNUM。

然后定义format $VISIT & VISITNUM,以便标准化计划访视;

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运用Call execute定义format,运用于不同项目时,不需要修改代码。

最后运用hash进行链接。

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如果计划外访视未链接上,也将put error,可能由于SDTM.SV未包括所有计划外访视。



3:EPOCH的加工,除了SDTM.DS,其他Domain的EPOCH加工规则都可以用时间进行判断;在SDTM.SE中,包括了每个受试者,每个时期的开始和结束时间,所以可以根据SDTM.SE进行衍生EPOCH;但是不同项目的SDTM.SE大多不相同,每个项目写代码去衍生EPOCH也比较麻烦。下面是一段通过SDTM.TA和SDTM.SE自动生成EPOCH的宏代码,不同的项目大多可适用。


通过SDTM.TA获取元素个数,并生成宏变量;

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SQL链接SDTM.SE中各元素的开始时间;

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根据各Domain的日期和SDTM.SE各时期的开始日期进行判断,注意一下,需要从后往前进行判断,比如先判断Domain的日期是否大于(等于)“随访期”,再判断是否大于(等于)“治疗期”,依次往前,还需要注意的是当Domain的日期等于SDTM.SE开始日期时,需要根据SDTM.SE各时期的开始日期进行考虑;比如“随访期”的开始时间取的是末次给药日期,那在判断“随访期”时就不需要等号了,末次给药日期也是“治疗期”的结束时间,时间相等理应归为“治疗期”。

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4:--BLFL & --LOBXFL,基线FLAG也可以根据Finding Domain的常见变量进行排序,做成一个小的macro,适用于所有项目。

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By 参数为默认的排序变量,通常可以是“USUBJID &domain.CAT &domain.SCAT &domain.TEST &domain.TESTCD &domain.LOC &domain.LAT &domain.POS &domain.SPEC &domain.METHOD”,根据SDTM规则将末次给药前最后一条非空测量值作为基线。



5:--SEQ,通过mapping spec定义的排序变量衍生,宏工具也适用所有的项目。

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6:查找并去除特殊字符,国内项目经常会出现变量的值中有一些特殊字符,比如换行符,TAB键等等,肉眼不可见,经常会在项目跑P21才发现问题,导致项目返工,降低效率;所有在check并去除特殊字符的步骤就很有必要,尽管在生成SDTM数据集时消耗多一点时间。

根据mapping spec中定义的所有字符型变量,而不是数据集的所有字符型变量,可以提高一些效率。




7:其他的一些需要标准化的变量,比如日期,标准结果值这些变量,都可以做成宏适用所有的项目。

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这些小工具填写很少的参数,使用起来非常方便。


8:SUPP Domain;通常还会有一些信息在主Domain中无法体现,便会将这部分信息放入SUPP中;同样也可以根据mapping spec制作一个macro,适用于所有Domain和所有项目。

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以上便是小编总结的一些加工Finding Domain的经验。

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