浅谈基于SDTM数据集开发提高临床数据质量工具思路

发布时间:2022-11-18 文章来源:

1、背景简介


在临床过程试验中,在数据清理阶段针对数据质量核查能发现所有问题,或者对所有数据进行100%的核查,是不现实且没有必要,也不是发现错误、提高数据质量的有效方法。甚至在临床试验项目锁库完成后,在进行质量核查过程中,也总会发现有数据错误或者没有解决的问题出现,这时往往面临是否重新解锁但又会拖慢试验进程的艰难决定。因此,除了针对原始EDC数据按照正常数据管理流程做程序核查(数据核查和/或逻辑核查)外,基于SDTM数据集做自动化的数据或逻辑核查,不仅能够减少锁库后出现数据问题的风险,也能够侧面印证数据管理的质量。同时,相比基于杂乱的原始数据,在标准化的SDTM数据集基础上做有针对和重点的核查,在效率和质量上都能够达到事半功倍的效果。


2、选择SDTM理由

SDTM具有稳定的数据集结构,便于实现程序自动化处理


1、SDTM具有标准的变量名,可以通过DOMAIN域进行循环操作查询功能;

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2、SDTM为纵向数据结构,方便SAS程序通过By语句批量运行;

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3、SDTM具有记录标准化单位的变量,可以记录对多套单位的指标进行标准单位转化后的值,从而达到可分析的目的;

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4、标准的ISO8601时间格式,有利于时间逻辑的判断;

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5、SDTM提供标准的Control Terminology,便于程序识别,提高程序可操作性;

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3、程序代码实现

1.根据核查需求,列出SDTM Issue Checklist,基于逻辑列表进行SAS宏程序的编写;

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2、对于一般通用的核查逻辑,可以通过SDTM的变量命名规则,通过宏循环批量操作,例如时间逻辑核查

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3、可通过运用统计学的方法对实验室数据进行查询,确保数据录入正确,避免手误录入错误的情况。例如,通过proc mean计算出极端值出来,交给DM同事发送质疑进行核查该极端值出现的原因。

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4、最后把工具打包成一个宏%check_sdtm,可以贴合项目环境进行运行,生成核查报告。

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总结:

基于SDTM数据集开发提高临床数据质量工具,能够提高数据核查的质量。而SDTM标准数据结构让程序员更加好地实现自动化核查。



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